1984年4月26日，内蒙古自治区党委、人民政府《关于成立中国计划生育协会内蒙古自治区分会的批复》中指出:“同意成立中国计划生育协会内蒙 古自治区分会。分会不单设办事机构,日常业务由计划生育委员会承担。”

1985年5月15日,内蒙古自治区计划生育协会正式成立，并召开第一次会员代表大会。按照《中国计划生育协会章程》要求,各地不再成立协会分会。自治区副主席赵志宏任会长,自治区卫生厅厅长云曙碧、自治区妇联主任云曙芬、自治区计生委副主任斯琴、自治区医学院教授华惠佩任副会长,秘书长由斯琴兼任,协会理事由社会各界有关人士担任,共有67人,其中常务理事23人。成立大会上,全体人员一致通过承认并执行 《中国计划生育协会章程》。

1987年底,盟市级协会成立5个,理事228人。旗县级协会成立23个, 苏木乡镇级协会成立131个,嘎查村级协会成立1,291个,会员人数发展到 13,828人,基层协会创办 “会员之家”39个,建立会员联系户3,030个。

1990年3月,内蒙古自治区计划生育协会召开第二次会员代表大会,选举产生了第二届理事会。赵志宏连任会长,自治区计生委副主任朝克任常务副会长,自治区顾问委员会常委云曙碧 (后被聘为自治区计划生育协会名誉会长)、自治区党委宣传部副部长袁志发、自治区妇联主任王秀梅、自治区计生委原副主任斯琴、张增智为副会长,自治区计生委科技处副处长王一平任秘书长。大会选举理事74人,其中常务理事31人。

据1989年底统计,盟市级协会发展到6个,占盟市总数的50%;旗县级协会发展到 62个,占旗县总数的62%;苏木乡镇级协会发展到861个,占苏木乡镇总数 55%;嘎查村级协会发展到8,785个,占应建协会的53%;会员发展到16 万多人,“会员之家”发展到3,717个,会员联系户发展到98,031个,各级协会工作人员已达13,868名,其中专职人员127名。

1992年4月,内蒙古自治区计划生育协会召开二届二次理事会,增补自治区计生委主任杨紫珍为副会长,增补自治区计生委党组成员钱浪腾为常务副会长。会议要求嘎查村一级协会都要普遍建立起来,盟市、旗县协会都要配备专职副会长,各级协会都要把热心计划生育、有威信的老同志作为副会长,参与协会工作。

 截至1996年上半年,全区建立各级协会22,912个,12个盟市、101个旗县 (市、区)全部建立了协会;苏木乡镇级协会已建立1,815个,占应建协会的97.6%;嘎查村级协会已建立15,800个,占应建协会的95.8%;企事业单位、流动人口的个体协会已建立4,464个;全区协会会员已发展到98万人,占总人口的4.3%;“会员之家”已建立31,907个,会员联系户发展到736,592个。1998年4月,自治区计划生育协会三届三次常务理事会审议通过邸少坚不再兼任秘书长职务,聘任刘光为秘书长。

1996年12月,内蒙古自治区计划生育协会召开全区第三次会员代表大会,选举产生了第三届理事会。自治区副主席宝音德力格尔被选为会长, 自治区计生委主任刘芝兰、自治区妇联主任林瑞、自治区党委宣传部副部长俞祺德、自治区总工会副主席殷殿明、自治区团委副书记景建华等被选为副会长,自治区计生委副主任邸少坚被选为常务副会长兼秘书长,自治区计生委科技处处长王有德被选为专职副会长。自治区党委书记刘明祖、自治区政府主席乌力吉、自治区人大常委会副主任王秀梅、自治区政协副主席杨紫珍、自治区红十字会会长云曙碧被聘为名誉会长。会议选举产生理事65人,其中常务理事28人。

截至2001年底,全区建立各级协会24,959个,除了旗县以上行政单位均已建立协会外,嘎查村级协会已建18,337个,发展个人会员2,215,863人,发展各级团体会员2,484个,建立会员之家28,356个,会员联系户 1253,924个,发展会员小组129,952个,举办经营性实体2,604个,建立宣传服务阵地20,670个,各级协会专职工作人员10,600人,各级协会理事达 134,563人,解决各级协会专职人员编制2,126个。

2002年2月,内蒙古自治区计划生育协会召开全区第四次会员代表大会,选举产生了第四届理事会。自治区副主席宝音德力格尔连任会长, 自治区计生委主任刘芝兰当选第一副会长，自治区计生委巡视员李克敏被选为常务副会长，自治区人大教科文卫委员会主任孙华、自治区党委副秘书长吴永刚、自治区政府副秘书长周廷芳、自治区政协教科文卫体委员会副主任钱浪腾被选为副会长,自治区计生委刘光连任秘书长。会议选举产生理事46人,其中常务理事27人。

2016年10月,内蒙古自治区计划生育协会召开全区第五次会员代表大会,选举产生了第五届理事会。自治区政协党组副书记、副主席杨成旺同志当选自治区计生协会长，自治区卫生计生委党组书记、主任欧阳晓晖，自治区政协教科文卫体副主任云文霞，自治区政府副秘书长许宏智，自治区科协主席孙俊青，自治区教育厅副厅长杨劼，自治区总工会党组成员、经费审查委员会主任苏日娜，自治区团委副书记陈晓东，自治区卫生计生委副厅级干部伊忠志，自治区经济研究所、人口研究所所长于光军，内蒙古人民医院副院长云志中，商都县副县长、计生协副会长张丽霞，喀喇沁旗王爷府镇镇长、计生协会长赵新民等12位同志当选自治区计生协副会长。伊忠志兼任秘书长。会议选举产生理事49人,其中常务理事27人。  

2021年9月7日，自治区计生协五届一次常务理事会、理事会第2次会议暨五届一次理事会第3次（扩大）会议在呼和浩特市召开，会议选举其其格为五届理事会会长。

截至2021年底，全区12个盟市，有计生协机构11个，11个“入序”，9个“参公”；103个旗县，有计生协机构85个，68个“入序”。有乡级计生协组织784个，村级计生协组织9555个，全区计生协会员200万人。建立会员小组、会员之家、文化社团等活动阵地3.5万个。全区成立计生协志愿者队伍2995支，共有人员9.2万人。